Пуэрто Мальдонадо — небольшой город, и явных районов с разным уровнем комфорта и инфраструктуры здесь мало. Большинство отелей расположены в центре города, поблизости от рекреационных зон, рынков и городских кафе. Центр удобен для деловых путешественников и тех, кто предпочитает оставаться вблизи городской активности. В то же время для туристов, стремящихся к уединению и природным экскурсиям, подойдут отели ближе к окраинам и эко-лоджи, расположенным в тропическом лесу.
Для семей и пар оптимален выбор отеля с размещением около реки Тамбопата или в тихих жилых кварталах, где меньше шума и больше зелени. Одиночным путешественникам подойдет центральное расположение с хорошей транспортной доступностью и близостью к кафе и магазинам.